El 21 de octubre de 1916, la Madre María Serra, superiora General de la Congregación de Franciscanas Misioneras de la Madre del Divino Pastor (FMMDP), se dirige al Obispo de Córdoba, para solicitar permiso para hacerse cargo de la dirección del Colegio.

La actividad docente comienza en 1917.

Las religiosas de esta congregación que se hacen cargo del colegio son:

M. Presentación Priego
M. Elena Crespo
M. Misericordia
M. Mercedes
M. Cesárea Araor Rodríguez

Anteriormente el colegio estuvo dirigido por la Congregación de Religiosas de la Presentación de María.

En el año 1929, la comunidad del colegio de Franciscanas de Córdoba dona la primera imagen que tendría la Comunidad de Villa del Río, de la Divina Pastora.

Desde 1936 a 1939, tras haberse refugiado durante un tiempo en las casas de algunos vecinos, abandonaron el Colegio. Terminada la guerra civil vuelven las religiosas al pueblo, con M. Socorro de la Cuesta como Superiora. En estas fechas se inscriben las primeras alumnas.

Entre los años 1958 a 1970 siendo superiora M. Corazón Murgoitio, se hacen reformas en el colegio para que se pueda empezar a estudiar Bachiller.

El día 20 de marzo de 1967, el S. Obispo de Córdoba, D. Manuel Fernández Conde, preside la Eucaristía en la que se celebra el 50 aniversario de la presencia de las Franciscanas en nuestro pueblo.

Durante el curso 1969/70 un fuerte terremoto afecta a las aulas y vivienda de las religiosas. El pueblo colabora en la reparación del edificio y D. Pedro Molleja cede su casa para que se use como aulas, para que no cese la actividad docente.

En el año 1975 se amplía el colegio con la compra de un solar de 120 m2, En el curso 1977/78 quedó oficialmente constituida la Asociación de Padres del Colegio

A partir del curso 1998/99 el Colegio amplió su oferta educativa con Educación Secundaria después de hacer las obras de reforma necesarias para esta nueva etapa

En el año 2017 celebramoss el centenario de la presencia de las FRANCISCANAS en Villa del Río. La corporación municipal reconoció estos 100 años con la entrega de la Medalla de Oro de la localidad.